Στο πλαίσιο της Δράσης 6 η περιβαλλοντική παρακολούθηση της πιλοτικής περιοχής του έργου EcoPest παρείχε πληροφορίες σχετικά με τα επίπεδα ρύπων στα υδάτινα σώματα της περιοχής και στο χώμα, οι οποίοι προέρχονται από ανθρωπογενείς δραστηριότητες σχετιζόμενες με την αγροτική παραγωγή. Οι ρύποι αυτοί αφορούν στις συγκεντρώσεις υπολειμμάτων γεωργικών φαρμάκων και δευτερευόντως λιπασμάτων. Ειδικά για τη χρήση των λιπασμάτων προκειμένου να υπάρξει στόχευση των μεταβολών σε αίτια που σχετίζονται καθαρά με τις αγροτικές δραστηριότητες, η παρουσιαζόμενη εκτίμηση εστίασε στις αζωτούχες ενώσεις (NO₃, NH₄⁺). Επιπλέον και προκειμένου να υπάρχει ολοκληρωμένη εικόνα της περιβαλλοντικής ποιότητας προσδιορίστηκαν και οι παράμετροι Ca²⁺, Mg²⁺, SO₄^2-, Cl-, HCO₃^-, CO₃^2-, Fe, Zn, Mn, Ni οι οποίοι σχετίζονται πρωτίστως με το γεωλογικό υπόβαθρο και οι μεταβολές τους ελέγχονται κύρια από φυσικές διεργασίες (βλέπε Δράση 2). Επίσης πραγματοποιήθηκαν προσδιορισμοί βαρέων μετάλλων όπως Pb, Cu και Cd.
Στα ίδια δείγματα πραγματοποιούνται και βιοδοκιμές τοξικότητας σε οργανισμούς δείκτες (υδρόβιους από διαφορετικές ταξινομικές ομάδες και μικρο-οργανισμούς εδάφους) περιβαλλοντικής ποιότητας.
Από το δίκτυο παρακολούθησης που εγκαταστάθηκε για το λόγο αυτό συλλέχτηκαν δείγματα νερού από πηγάδια, γεωτρήσεις της περιοχής, επιφανειακά ύδατα από το ποτάμι και από την ακόρεστη ζώνη που είναι ενδεικτική των διαφυγών αγροχημικών από το σύστημα φυτό-χώμα. Επισημαίνεται ωστόσο, ότι η φιλοσοφία σχεδίασης και λειτουργίας του δικτύου παρακολούθησης στοχεύει τόσο στη δυνατότητα καταγραφής της άμεσης απόκρισης του συστήματος στις γεωργικές δραστηριότητες, όσο και στη διαχρονική αποτύπωση αυτών, (αφού απώτερος σκοπός είναι η συνέχιση της εφαρμογής του έργου και μετά την ολοκλήρωση του, επιτυγχάνοντας έτσι το κέρδος για το περιβάλλον στο διηνεκές).
Οι δειγματοληψίες πραγματοποιήθηκαν σε συγκεκριμένα χρονικά διαστήματα κατά τα έτη 2010 και θα ολοκληρωθούν το 2011, έτη εφαρμογής των συστημάτων χαμηλών εισροών αγροχημικών (κυρίως γεωργικών φαρμάκων) στην περιοχή. Εκτός από την αξιολόγηση των απόλυτων τιμών των επιπέδων ρύπων στα περιβαλλοντικά δείγματα, τα αποτελέσματα αυτών των ετών συγκρίνονται και με τα αντίστοιχα που ανιχνεύτηκαν κατά τη Δράση 2 στην οποία έγινε η αξιολόγηση της υπάρχουσας περιβαλλοντικής κατάστασης. Η σύγκριση αυτή θα μπορέσει να δώσει κάποιες πρώτες ενδείξεις όσον αφορά στην επίδραση της εφαρμογής του συστήματος χαμηλών εισροών αγροχημικών και την ορθολογική τους χρήση στις καλλιέργειες του βαμβακιού, αραβοσίτου και βιομηχανικής τομάτας.
Σχετικά με την αξιολόγηση των υπολογιζόμενων επιπέδων ανόργανων ρύπων θα πρέπει να σημειωθεί, ότι τμήμα της ευρύτερης περιοχής μελέτης είναι ενταγμένο προ του 2009 στο εθνικό πρόγραμμα μείωσης της νιτρορύπανσης, λόγω διαχρονικών προβλημάτων της περιοχής σχετικά με τα υψηλά επίπεδα νιτρικών. Συνεπώς οι μεταβολές συγκεντρώσεων νιτρικών και αμμωνιακών ιόντων δεν αναμένεται να είναι σημαντικές ως προς τα ποσοτικά χαρακτηριστικά της εφαρμοζόμενης λίπανσης, τουλάχιστον για τους παραγωγούς που μετέχουν στο πρόγραμμα αυτό.
Όσον αφορά τα υπόλοιπα συστήματα που εξετάζονται στο πρόγραμμα, τα επιφανειακά νερά όπως έχει λεχθεί, αποτελούν ένα δυναμικό σύστημα και ο μικρός αριθμός των σημείων δειγματοληψίας καθιστά μόνο ενδεικτική την εκτίμηση μεταβολών. Το ίδιο ισχύει και για τον καρστικό υδροφόρο, ο οποίος ούτως ή άλλως δεν θα επηρεάζονταν εντός των χρονικών πλαισίων του προγράμματος, καθώς η άφιξη ενός δυνητικού ρύπου από την επιφάνεια δεν είναι άμεση. Αυτός είναι άλλωστε και ο λόγος που για τα έτη 2010-2011 το δίκτυο παρακολούθησης εστιάζει κύρια στην προσχωματική υδροφορία και στην ακόρεστη ζώνη. Ο προσχωματικός υδροφόρος είναι σε μια ενδιάμεση κατάσταση καθώς η αμεσότητα της επίδρασης εξαρτάται από διάφορους παράγοντες, όπως η στάθμη του υδροφόρου, το πάχος της ακόρεστης ζώνης, η φύση των σχηματισμών, ο επηρεασμός από τις εκτός ελέγχου του έργου ζώνες κτλ. Τέλος στο έδαφος δεν μπορούν να παρατηρηθούν μετρήσιμες μεταβολές όσον αφορά στους ανόργανους ρύπους, καθώς δεν σημειώθηκαν ουσιαστικές αλλαγές στη λιπαντική αγωγή λόγω των ήδη μειωμένων εισροών στις περισσότερες των περιπτώσεων (προϋπάρχον πρόγραμμα νιτρορύπανσης).
Όσον αφορά τους ανόργανους ρύπους προκειμένου να υπάρξει στόχευση των μεταβολών σε αίτια που σχετίζονται καθαρά με τις αγροτικές δραστηριότητες, η παρουσιαζόμενη εκτίμηση εστίασε στις αζωτούχες ενώσεις (NO3-, NH4+). Από τα αποτελέσματα της ακόρεστης ζώνης προκύπτει ετήσια μέση μείωση της τάξης του 52,6% στις συγκεντρώσεις ΝΟ3-. Αντίστοιχα, για τα αμμωνιακά ιόντα προκύπτει ελάττωση των συγκεντρώσεων σε 10 από τις 13 συνολικά θέσεις, με μέσο ετήσιο ποσοστό ελάττωσης 73,2%.
Οι παράμετροι Ca2+, Mg2+, SO42-, Cl-, HCO3-, CO32-, Fe, Zn, Mn, Ni σχετίζονται κύρια με το γεωλογικό υπόβαθρο και οι μεταβολές τους ελέγχονται πρωτίστως από φυσικές διεργασίες. Επίσης δεν προέκυψε συσχέτιση των βαρέων μετάλλων που προαναφέρθηκαν με σκευάσματα που χρησιμοποιούνται στην πιλοτική περιοχή, χωρίς να υπάρξει συσχέτιση (βλέπε Δράση 2).
Οι παράμετροι Pb, Cu και Cd, παρόλο που δυνητικά σχετίζονται με αγροτικές δραστηριότητες, είτε σαν πρόσθετα φυτοφαρμάκων (Pb και Cu στα Cu-ούχα σκευάσματα) είτε σαν πρόσθετα λιπασμάτων (παρουσία Cd στα φωσφορικά λιπάσματα), δεν αξιολογήθηκαν γιατί από τις καταγεγραμμένες εισροές δεν προκύπτει η εκτεταμένη εφαρμογή χαλκούχων σκευασμάτων στα αγροτεμάχια της πιλοτικής περιοχής. Επίσης, οι συγκεντρώσεις Cd ήταν εξαιρετικά χαμηλές  (κοντά στο όριο ανιχνευσιμότητας) προκειμένου να μπορέσει να στοιχειοθετηθεί οποιαδήποτε αξιόπιστη μεταβολή.
Το πρόβλημα ρύπανσης των υδάτων και εδαφών της περιοχής από υπολείμματα γεωργικών φαρμάκων εστιάζεται στην ύπαρξη ζιζανιοκτόνων (κυρίως glyphosate, fluometuron, ethalfluralin, tertbuthylazine και s-metolachlor) η οποία είναι απόλυτα αναμενόμενη βάσει των πολύ μεγάλων πληθυσμών δυσεξόντωτων πολυετών ζιζανίων (Δράση 2 & Δράση 3).
Όσον αφορά στα υπολείμματα γεωργικών φαρμάκων στα περιβαλλοντικά δείγματα παρατηρήθηκαν τα ακόλουθα:
Μείωση του συνολικού μέσου όρου όλων των ρύπων σε πηγάδια κατά 38% το 2010 σε σύγκριση με το 2009. Η μείωση αυτή έφτασε σε ποσοστό μεγαλύτερο του 50% κατά το Σεπτέμβριο του 2010 σε σύγκριση με το Σεπτέμβριο του 2009.
Τα δείγματα από το ποτάμι που διατρέχει την περιοχή ήταν πολύ περιορισμένα, παρόλα αυτά σημαντικά επίπεδα ρύπων παρατηρήθηκαν μόνο στο σημείο που βρίσκεται εκτός πιλοτικής περιοχής στον άνω ρου του ποταμού. Από τα επίπεδα που ανιχνεύτηκαν στο συγκεκριμένο σημείο αλλά και από την μη ανίχνευση αντίστοιχων ρύπων στα άλλα δείγματα από το ποτάμι προκύπτει ότι πρόκειται για σημειακή πηγή ρύπανσης από κακή πρακτική ή τυχαίο γεγονός.
Ειδικά για την εκτίμηση της ρύπανσης στα εκπλύματα από την ακόρεστη ζώνη είναι ορθότερο να χρησιμοποιηθεί η συνολική ποσότητα ρύπων αντί της συγκέντρωσης διότι η ποσότητα νερού που συλλέγεται κάθε φορά εξαρτάται άμεσα από τις βροχοπτώσεις και την άρδευση, είναι εξαιρετικά ασταθής και επηρεάζει άμεσα τη συγκέντρωση ρύπων στο δείγμα. Από τις συνολικές ποσότητες ρύπων που ανιχνεύθηκαν στα δείγματα νερού από την ακόρεστη ζώνη προκύπτει μείωση της τάξης του 47-50% το 2010 σε σύγκριση με το 2009. Αναλυτικότερα αναφέρεται ότι η μείωση των ζιζανιοκτόνων έφτασε σε ποσοστό  51,5% (Ιούλιος 2010 σε σύγκριση με Ιούλιο 2009). Σημαντική αύξηση παρατηρήθηκε στο ποσοστό των συγκεντρώσεων εντομοκτόνων (imidachloprid, azinfos-ethyl) το 2010 σε σχέση με το 2009, η οποία όμως αφορά πολύ χαμηλές απόλυτες τιμές και είναι απόλυτα  αιτιολογημένη και αναμενόμενη λόγω της εμφάνισης έντονων εντομολογικών προβλημάτων στην περιοχή και είναι σε συμφωνία με τις εισροές που καταγράφηκαν στην περιοχή (Δράση 3).
Οι συνολικές συγκεντρώσεις υπολειμμάτων γεωργικών φαρμάκων στα δείγματα εδάφους μειώθηκαν κατά 50% τον Σεπτέμβριο και 73% τον Ιούλιο του 2010 σε σύγκριση με τους αντίστοιχους μήνες του 2009.
Από τη σύγκριση του συνόλου των βιοδοκιμών σε υδρόβιους οργανισμούς και για όλα τα είδη δειγμάτων προκύπτει σημαντική μείωση της τοξικότητας το 2010  σε σύγκριση με την αντίστοιχη του 2009. Εξαίρεση αποτελούν τα δείγματα από την ακόρεστη ζώνη, στα οποία παρατηρήθηκε αυξητική τάση της τοξικότητας τον Σεπτέμβριο 2010 σε σχέση με τον Σεπτέμβριο 2009, παρόλη τη μείωση των επιπέδων των οργανικών ρύπων συνολικά. Το αποτέλεσμα αυτό δικαιολογείται από την αύξηση των επιπέδων των εντομοκτόνων (ποιοτική αύξηση του κινδύνου παρά την ποσοτική μείωση) τα οποία είναι ιδιαίτερα τοξικά για τους υδρόβιους (ιδιαιτέρως για τη Daphnia magna).